In den Folgejahren konnte der Verein aber nicht mehr an die frühen
Erfolge anknüpfen und stieg zwischenzeitlich gar in die Zweitklassigkeit ab.
Während des Zweiten Weltkrieges schaffte der KFC aber die Rückkehr
in die damals höchste deutsche Spielklasse, die Gauliga. Nach Kriegsende
spielte der Verein zwar in der neugegründeten Oberliga-Süd, stieg aber
schon im zweiten Jahr ab. 1950 wurde in Deutschland die 2. Oberliga eingeführt.
Der KFC konnte jedoch nicht davon profitieren. Im Gegenteil: am grünen Tisch
wurde Phönix gar eine Klasse herabgestuft und spielte fortan in der 1. Amateurliga.

Der zweite direkte Vorgängerverein des Karlsruher SC neben dem KFC Phönix
(Phönix Alemannia) war der VfB Mühlburg. Dieser Club hatte seine Ursprünge
ebenfalls im 19. Jahrhundert. 1890 wurde der 1. FV Sport-Mühlburg gegründet.
15 Jahre später trat dieser Verein dem neu geschaffenen FC Mühlburg geschlossen bei.
Auch der 1892 gegründete Verein Viktoria Mühlburg ging hier auf.

1911 stieg der FC Mühlburg in die Südkreisliga, die damals höchste
deutsche Spielklasse, auf. Dort konnte man sich allerdings nur für ein Jahr halten.
Im selben Jahr fusionierten an anderer Stelle der 1898 gegründete FC Germania
und der 1902 geschaffene FC Weststadt zum VfB Karlsruhe.

Am 28. Juli 1933 taten sich der FC Mühlburg und der VfB Karlsruhe
schließlich zusammen. Und als VfB Mühlburg stellten sich schließlich auch
die ersten Erfolge ein. Während der Zeit der Nationalsozialisten war der VfB
anders als die bis dato in Karlsruhe dominierenden Vereine KFC Phönix und
Karlsruher FV durchgehend zwischen 1933 und 1944 in der Gauliga Baden vertreten.

Auch nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges setzte sich die Erfolgsgeschichte des
VfB Mühlburg fort. 1947 stieg der Verein in die Oberliga Süd auf und war in den
Folgejahren nicht mehr aus Deutschlands höchster Spielklasse wegzudenken.
In der Spielzeit 1950/51 erreichte das Team den 3. Platz in der Endabrechnung.

Am 16. Oktober 1952 kam es zur Fusion des VfB Mühlburg und des KFC.
Es entstand der Karlsruher SC von 1894 Mühlburg-Phönix. Die Saison 1952/53
war zu diesem Zeitpunkt bereits in vollem Gange, dennoch konnte der neue Verein
den Platz des VfB Mühlburg in der Oberliga Süd einnehmen und spielte die Runde
als KSC Phönix-Mühlburg zu Ende. Ab der Spielzeit 1953/54 war Karlsruher SC
die gebräuchliche Namensgebung.

1955 gewann der Verein erstmals den DFB-Pokal. Im Endspiel siegte man 3:2
gegen den FC Schalke 04. Ein Jahr später verteidigte die Mannschaft den Titel
mit einem 3:1-Erfolg über den Hamburger SV. In derselben Spielzeit standen die
Karlsruher erstmals seit 1909 wieder im Endspiel um die Deutsche Meisterschaft,
welches sie jedoch verloren.

Auch wenn weitere Triumphe in den nächsten Jahren ausblieben, der KSC
spielte immer oben mit und gehörte 1963 folgerichtig zu den Gründungsmitgliedern
der Bundesliga. Fünf Jahre kämpfte Karlsruhe in beinahe jeder Saison gegen den
Abstieg, ehe der Verein 1968 erstmals seit der Fusion 1952 wieder zweitklassig
spielen musste.

Nach einigen knapp gescheiterten Anläufen gelang die Rückkehr in die Bundesliga
schließlich 1975. Es stellte sich jedoch ein "Fahrstuhleffekt" mit mehreren Auf- und
Abstiegen ein. 1986 wurde Winfried Schäfer als neuer Trainer des Zweitligisten vorgestellt.
Unter ihm sollte der KSC seine erfolgreichsten Jahre erleben. Bereits in seiner ersten
Spielzeit an der Seitenlinie führte der Trainerfrischling die Badener zurück in die Bundesliga.
Finanziell konnte der Verein nicht mit den Großen der Branche mithalten und setzte daher
auf Eigengewächse aus der Region. Spieler wie Oliver Kahn, Mehmet Scholl und
Jens Nowotny verhalfen dem Verein zunehmend zum Erfolg. 1991/92 beendete der KSC
eine Bundesliga-Saison erstmals auf einem einstelligen Tabellenplatz (Platz .

Es folgte gar ein 6. Rang und die erstmalige Teilnahme am UEFA-Pokal für die Spielzeit 1993/94.
In der zweiten Runde des Wettbewerbs sorgte der KSC für eine der größten Momente im
deutschen und europäischen Fußball. Nach einer 1:3-Hinspielniederlage beim FC Valencia
fegten die Karlsruher das spanische Topteam im Rückspiel mit 7:0 vom Platz. Der KSC zog
sensationell ins Halbfinale des UEFA-Pokals ein. 1996 erreichte der Verein erstmals seit
40 Jahren wieder das Endspiel im DFB-Pokal, in dem das Team allerdings knapp mit 0:1
dem 1. FC Kaiserslautern unterlegen war.

Zwei Jahre darauf fiel der Verein in ein unerwartetes Loch. Selbst die Trennung von Schäfer
noch während der Saison 1997/98 konnte den KSC nicht vor dem Fall in die Zweitklassigkeit
retten. Der plötzliche Abstieg hatte auch finanzielle Folgen, die den Verein hart trafen.
Nach zwei Spielzeiten in der 2. Bundesliga war der Kader des Clubs aufgrund des kleinen
Budgets nicht mehr konkurrenzfähig und Karlsruhe rutschte 1999/2000 in die Regionalliga ab.

Die sportliche Talfahrt konnte schnell gebremst werden und es folgte die sofortige Rückkehr
in den Profifußball nur ein Jahr später. Doch es drohten die Insolvenz und die Auflösung
des Vereins. Beides jedoch konnte durch den Übergangspräsidenten und ehemaligen
Oberbürgermeister der Stadt Karlsruhe, Gerhard Seiler, verhindert werden.
Nach einigen mageren sportlichen Jahren wurde der KSC 2006/07 der erste Verein,
der seit Einführung der eingleisigen 2. Bundesliga an allen Spieltagen auf einem
Aufstiegsplatz stand. Die Rückkehr in die Bundesliga war geschafft. Die Saison 2007/08
beendeten die Badener auf einem starken 11. Platz. Ein Jahr später jedoch stieg der KSC wieder ab.

Nach einer soliden Mittelfeldplatzierung im Jahr 2010 folgte eine schwere Saison,
in der der KSC erst am letzten Spieltag den Klassenerhalt sichern konnte. 2011/2012
wollten die Badener zumindest wieder ins Mittelfeld der Tabelle vorrücken.
Doch erneut kämpfte der KSC gegen den Abstieg. Am Saisonende musste man
als Tabellen-Sechzehnter in die Relegation. Nach einem 1:1 im Hinspiel bei
Jahn Regensburg trennte man sich auch beim Rückspiel in Karlsruhe remis.
Da das Spiel allerdings 2:2 endete, musste der KSC aufgrund der weniger
erzielten Auswärtstore den schweren Gang in die 3. Liga antreten.